Представителя "второй древнейшей" арестовали 20 ноября 1997 года. В материалах следствия, проведенного УФСБ по Тихоокеанскому флоту (ТОФ), значилось, что Пасько, обладая обширными связями практически во всех структурах штаба ТОФ, собирал и передавал секретную информацию сотрудникам японской газеты "Асахи" и телекомпании "Эн-эйч-кей". В телекомпании журналист работал консультантом и получал там зарплату. Пасько занимался проблемами переработки ядерного ракетного топлива и утилизации отслуживших атомных подлодок. На суде он неоднократно заявлял, что причиной ареста стала экологическая деятельность, не устроившая командование ТОФ и контрразведку.
20 июля 1999 года "эколога" признали виновным лишь в злоупотреблении должностными полномочиями. Подсудимый был освобожден в зале суда. Но подобный вердикт не удовлетворил ни защиту, ни обвинение. Адвокаты намеревались добиваться полной реабилитации подзащитного, прокуратура требовала ужесточить наказание. 21 ноября 2000 г. военная коллегия Верховного суда постановила отменить приговор "в связи с неполнотой и односторонностью судебного следствия, несоответствием выводов суда, изложенных в приговоре, фактическим обстоятельствам дела". Повторный процесс начался 11 июля 2001 г. и закончился сегодня вынесением обвинительного приговора.
Адвокаты осужденного намерены подать кассационную жалобу в Верховный суд. Обвинение доказало только факт незаконного присутствия журналиста на заседании штаба Тихоокеанского флота, на котором подсудимый собирал по просьбе японского коллеги секретную информацию об учениях Тихоокеанского флота. Остальные девять из десяти обвинений доказать не удалось.