Как утверждает "Washington ProFile", "Аль-Каэда" начала активно действовать на территории бывшего СССР в конце 1980-х годов. Одним из первых шагов в этом направлении стало создание координирующего центра в Баку – тогда структуры бен Ладена начали оказывать поддержку азербайджанским моджахедам в войне против Армении за контроль над Нагорным Карабахом.
В ходе боевых действий в этом регионе впервые зафиксирована массированная переброска афганских боевиков на Кавказ. Примерно полторы тысячи моджахедов прибыли в Азербайджан в октябре 1993 года. Тогда же отмечалась активность чеченских представителей: эмиссары Дудаева закупали ракеты и снаряды не только для себя, но и для своих партнеров в Азербайджане. Чеченские боевики участвовали и в армяно-азербайджанском конфликте. Известно, что они сыграли ключевую роль в захвате города Горадыз, находящегося к юго-востоку от Степанакерта – столицы Нагорного Карабаха. По некоторым данным, в этом конфликте принял участие Шамиль Басаев. Однако армянские формирования действовали гораздо успешнее, поэтому информация о "победах" Басаева в Нагорном Карабахе отсутствует. Летом 1994 года число чеченских боевиков, воевавших на стороне азербайджанских сил вместе с афганскими моджахедами, достигло 2,5 тыс. человек. Афганская бригада понесла тяжелые потери в боях с армянами и была расформирована в 1994 году. Впрочем, ее костяк "засветился" потом в других "горячих точках".
Непосредственно в Чечне и других регионах России "Аль-Каэда" начала активные мероприятия, когда генерал советских ВВС Джохар Дудаев начал кампанию по обретению независимости Ичкерии. Дудаев благосклонно относился к чеченскому отделению организации "Братья-мусульмане". После окончания армяно-азербайджанского конфликта многие афганские моджахеды и полевые командиры появились в Чечне и были обласканы Дудаевым и его ближайшим окружением. С тех пор связь между "Аль-Каэдой", движением "Талибан*" и другими исламскими экстремистскими организациями обрела постоянство и прочность.
По данным американских источников, тот же Шамиль Басаев проходил военную подготовку в Афганистане, где установил тесные связи с функционерами "Аль-Каэды". В августе 1995 года число "афганских арабов" (выходцев из арабских стран, имевших боевой опыт войны в Афганистане против советских войск) в Чечне достигло 300 человек. Поток иностранных наемников не иссякал – опытные боевики, инструкторы и полевые командиры из Боснии, Герцеговины и Азербайджана вливались в ряды бандформирований. Американские спецслужбы констатировали такой факт: разведслужбы Саудовской Аравии, Ливана и Ирана напрямую и косвенно поддерживали чеченских боевиков.
К событиям в Чечне бен Ладен имел непосредственное отношение. Он поддерживал тесные идеологические, технологические и финансовые отношения с Хаттабом – арабским полевым командиром, прибывшим в Чечню в разгар первой кампании в группе арабских боевиков. Ее командир иорданец Фатхи умер от сердечного приступа в 1997 году. В свою очередь Хаттаба ошибочно считали иорданцем, хотя сейчас установлено, что он – земляк Бен Ладена. Для борьбы против российских военных и подразделений МВД в Чечне и Дагестане Хаттаб мобилизовал моджахедов из Ингушетии, Осетии, Грузии и Азербайджана при финансовой поддержке "Аль-Каэды".
Существовал и обратный поток живой силы – из Чечни в Афганистан. Так, в отборной "бригаде 055" "Аль-Каэды", воевавшей в Афганистане против Северного Альянса, было много чеченцев и выходцев из бывшей советской Средней Азии.
Вдобавок к арабскому присутствию в Чечне, несколько сот чеченцев усиленно тренировались в афганских лагерях "Аль-Каэды". В этих лагерях боевики целенаправленно готовились как "командиры" и "руководители" крупных диверсионно-террористических отрядов. Организация "Аль-Ансар"(Al Ansar), находящаяся под сильным влиянием "Аль-Каэды" (по другой версии, дочерняя структура системы бен Ладена), считается самой жестокой и организованной из трех групп моджахедов (международных террористов), воюющих с Россией в Чечне.
Террористическая структура "Аль-Ансар" ответственна за организацию большинства атак с использованием самоубийц в Чечне. Ранее эта тактика чеченскими боевиками не применялась. Как известно, в Чечне было организовано несколько атак смертников на позиции и расположения федеральных сил. Самые громкие акции – подрыв грузовика со взрывчаткой в городе Аргун, когда погибли и были ранены десятки российских милиционеров, атака смертников в Алхан-Юрте и покушение на военного коменданта Урус-Мартановского района (взрывное устройство, закрепленное на теле, привела в действие девушка-смертница). Также, согласно европейским разведывательным источникам, "Аль-Каэда" помогала "Аль-Ансар" оружием, используя связи террористов с российскими, украинскими и чеченскими криминальными кругами. Во время первой чеченской войны Украина, в особенности портовый город Одесса, была ключевым пунктом переправки боевиков и оружия на Северный Кавказ.
Имея базы в Афганистане, "Аль-Каэда" не испытывала проблем с набором сотен рекрутов из стран Средней Азии. Был зафиксирован резкий всплеск активности исламистов в Узбекистане, Кыргызстане, Таджикистане, Казахстане и Туркменистане.
Первая ласточка явилась в 1990 году. Партия Исламского Возрождения, созданная таджикскими интеллектуалами в Астрахани (!), поставила своей задачей распространение шариата. Вскоре после этого в других исламских регионах возникли организации "Тауба" ("Покаяние"), "Ислам Лашкарлари" ("Воины Ислама"), "Адолат" ("Правосудие") и др. После ослабления влияния Москвы в Средней Азии эти организации начали создавать свою инфраструктуры, строить мечети и основывать религиозные учебные заведения. В Средней Азии также действуют многочисленные международные исламские организации, в том числе имеющие связи с "Аль-Каэдой", такие как "Хизб ут-Тахрир" и "Братья-мусульмане".
В Узбекистане возникло "Исламское Движение Узбекистана" (ИДУ), его основателями стали Тахир Юлдашев (Мухаммад Тахир Фарук), ваххабит Абдул Ахад, который прошел обучение в Саудовской Аравии, и Джума Намангани (Джумбай Ходжиев), бывший советский десантник. ИДУ пользовалось значительной поддержкой "Аль-Каэды", а сотни ее членов активно участвовали в войне в Афганистане на стороне "Талибана". Талибское правительство Афганистана гарантировало Намангани убежище и не выдало его официальным властям Узбекистана. ИДУ провело несколько кровавых военных рейдов и террористических актов на территории бывших советских среднеазиатских республик. В частности, организовало в феврале 1999 года серию взрывов в Ташкенте; члены ИДУ похищали мирных граждан (в том числе из Японии и США), казнили солдат правительственных сил, захваченных в плен. ИДУ до сих пор пользуется большой популярностью среди малообразованных жителей Ферганской долины.
Кроме того, "Аль-Каэда" поддерживала исламскую таджикскую оппозицию в войне против центрального правительства. До того, как перебраться в Чечню, Хаттаб проявил свои командные способности в Таджикистане, организовав ряд нападений на заставы российских пограничников. Перед этим Черный араб воевал в Афганистане. В некоторых боях (опять же, по данным американских спецслужб) бен Ладен и Хаттаб действовали локоть к локтю, под командованием учителя и наставника Хаттаба Хассана aс-Сарехи. После окончания войны в Таджикистане Хаттаб перебрался в Чечню.
Ныне, по сведениям спецслужб, "Аль-Каэда" временно свернула активную террористическую деятельность в Средней Азии и сконцентрировалась на идеологической работе. Многие ее пропагандисты и организаторы после начала антитеррористической операции в Афганистане смогли попасть на территорию Узбекистана, Таджикистана и Кыргызстана.
* Организация запрещена на территории РФ