После увольнения Михаил Трепашкин стал адвокатом. В последнее время он занимается расследованием обстоятельства взрывов жилых домов в Москве осенью 1999 года.
Согласно обвинениям прокуратуры, бывший подполковник, уже будучи уволенным в запас, продолжал хранить дома служебные документы, представляющие государственную тайну. Его также подозревают в том, что он позволял знакомиться с содержанием этих документов людям, не имеющим доступа к секретной информации.
Также при обыске квартиры Трепашкина были обнаружены патроны, на которых у подозреваемого не было документов, разрешающих их хранение.
Сам обвиняемый считает, что уголовное дело было сфабриковано. По его мнению, "наезд" прокуратуры связан с его работой по расследованию взрывов в жилых домах. В последние месяцы он занимался проверкой показаний Ачимеза Гочияева – главного подозреваемого. Также есть информация о том, что Трепашкин узнал недавно кое-что интересное об организации теракта в "Норд-Осте".
Бывший ФСБшник также известен хорошими отношениями с Александром Литвиненко и Борисом Березовским. Однако Литвиненко и Березовский сейчас в Лондоне, а Трепашкин – в Москве.