Станислав Говорухин родился 29 марта 1936 года в семье Сергей Георгиевич Говорухина и Прасковьи Афанасьевны Глазковой. Родители развелись ещё до его рождения. Мать в одиночку вырастила его и его сестру Инессу и дала детям высшее образование.
Говорухин окончил геологический факультет Казанского государственного университета имени В. И. Ульянова-Ленина в 1958 году, а затем работал геологом Средне-Волжского геологоразведочного управления.
Карьера на телевидении для будущего известного российского режиссера началась в 1959—1961 годах, когда он работал редактором и ассистентом режиссёра на Казанской студии телевидения. Окончив в 1966 году (по другим данным — в 1967 году) с отличием режиссёрский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (ВГИКа) (мастерская Якова Сегеля), Говорухин до 1987 года работал на «Одесской киностудии художественных фильмов». Где за эти года прошел путь от ассистента режиссёра, до кинорежиссёра-постановщика художественной кинематографии высшей категории.
С 1987 по 1993 годы работал режиссёром киноконцерна «Мосфильм». Был членом Союза кинематографистов СССР. В 1987 году стал инициатором, создателем и президентом советского международного фестиваля жанрового кино «Золотой Дюк», проводившегося в городе Одессе (Украинская ССР) в течение трёх лет (1988—1991).
Говорухин снял популярные художественные и художественно-публицистические фильмы как «Вертикаль», «Место встречи изменить нельзя», «Приключения Тома Сойера и Гекльберри Финна», «Десять негритят», «Ворошиловский стрелок», «Благословите женщину», «Пассажирка», «Weekend», «Конец прекрасной эпохи» и другие.
Также он был автором более двадцати сценариев к фильмам. Среди них «Контрабанда», «Пираты XX века», «Вторжение», «В поисках капитана Гранта», «Тайны мадам Вонг», а также несколько книг.
8 декабря 2011 года режиссер возглавил предвыборный штаб Владимира Путина на президентских выборах 2012 года.
Станислав Говорухин умер 14 июня 2016 года.