Елена Малышева родилась 13 марта 1961 года в семье врачей - Василия Шабунина и Галины Морозовой. Елена, так же как ее старшая сестра Марина и брат Алексей, решила посвятить жизнь медицине.
В 1983 году Малышева с красным дипломом окончила Кемеровский медицинский институт, а через год поступила в аспирантуру Академии медицинских наук в Москве. Елена Васильевна работала врачом-терапевтом, затем стала ассистентом кафедры внутренних болезней Второго мединститута, а после - профессором Московского государственного медико-стоматологического университета. В 2007 году защитила диссертацию в ММА им. И. М. Сеченова и стала доктором медицинских наук.
В 1992 году началась карьера Малышевой на телевидении. Она работала над программой "Рецепт" на телеканале "Кузбасс" в родном городе Кемерово. Спустя год доктор стала ведущей программы "Лазарет", а в 1994 году ее пригласили в рубрику "Врача вызывали?" на РТР (сейчас - "Россия-1"). Через три года состоялся перезапуск программы "Здоровье" на ОРТ (с 2002 года - "Первый канал"), и Малышева стала ее ведущей.
С 2010 года на Первом канале выходит программа "Жить здорово", которую Малышева ведет по сей день. В шоу врач с приглашенными экспертами обсуждает различные темы, посвященные здоровью и медицине.
Еще до работы на телевидении врач вышла замуж на Игоря Малышева. В 1988 году родился их старший сын Юрий, а в 1990-м - Василий. Юрий тоже работает врачом, сейчас живет в США. А вот Василий выбрал для себя профессию юриста, окончил адвокатскую школу в США.